Peter Schamoni wurde am 27. März 1934 in Berlin geboren. Als Kind hat er in verschiedenen Theater- und Filmrollen gespielt. Bei Luftangriffen wurde die Familie zweimal in Berlin total ausgebombt.
Nach der Evakuierung aus Berlin und der Flucht aus Ostpreußen wuchs Peter Schamoni in Iserlohn, Werl und Münster auf.
Von 1947 bis 1952 war Peter Klosterschüler bei den Steyler Patres in Bad Driburg. 1954 machte er am Gymnasium Paulinum in Münster sein Abitur.
Zunächst in Münster und ab 1955 in München studierte er Publizistik, Theater-, Literatur- und Kunstgeschichte. Neben dem Studium nahm er Schauspielunterricht an der Schauspielschule von Ruth von Zerboni und arbeitete als Regieassistent an den Staatstheatern in Stuttgart und München.
1957 drehte er gemeinsam mit dem Kameramann Jost Vacano einen Filmbericht über die VI. Weltjugendfestspiele in Moskau. Für sein Erstlingswerk „Moskau 57“ bekam er 1958 vom ersten Bundespräsidenten Theodor Heuss den Photokinapreis im Wettbewerb „Jugend filmt” überreicht.
Ab 1958 entstanden zahlreiche Kurzfilme wie „Osterspaziergang“ (1959 mit Enno Patalas), „Brutalität in Stein“ (1960 mit Alexander Kluge), „Bodega Bohemia“ (1961) oder „Im Zwinger - Dresden 1964“. Forum für diese Filme waren die Westdeutschen Kurzfilmtage in Oberhausen. 1962 gehörte Peter Schamoni zu den 26 Unterzeichnern des „Oberhausener Manifests“.
1963 lernte er den Maler Max Ernst kennen, mit dem er bis zu dessen Tod, am 1. April 1976, befreundet war. Mit und über Max Ernst drehte er fünf Filme. Der erste Max-Ernst-Film „Entdeckungsfahrten ins Unbewusste“ erhielt 1964 in Oberhausen den Hauptpreis und den Deutschen Filmpreis in Gold.
1964 begegnete er Anatole Dauman (ARGOS-Films, Paris), mit dem er mehrere Filme produzierte. Als Produzent wirkte er auch bei Filmen seines Bruders Ulrich mit, z. B. bei „Alle Jahre wieder“ (1967), „Quartett im Bett“ (1968) und „eins“ (1971).
Für „Schonzeit für Füchse“ (1966), sein Debüt als Spielfilmregisseur, wurde ihm bei den Internationalen Filmfestspielen in Berlin der Silberne Bär verliehen. Die von ihm produzierte Komödie „Zur Sache Schätzchen“ (1968, Regie May Spils) erhielt 1968 die „Goldene Leinwand“. Mit mehr als drei Millionen Zuschauern in einem Jahr gilt diese Produktion bis heute als eines der populärsten Beispiele des Jungen Deutschen Films.
Ab 1969 realisierte Peter Schamoni Romanverfilmungen wie „Deine Zärtlichkeiten“ (1969) und versuchte sich mit „Potato Fritz / Zwei gegen Tod und Teufel “(1976) auch im Western-Genre.
Gemeinsam mit seinem Freund Werner Spies inszenierte er 1972 die Multimedia-Schau „... endlose Spiele bereiten sich vor“ mit Texten von Max Ernst als Kulturprogramm der Olympischen Sommerspiele.
1973 wurde er für „Hundertwassers Regentag“ (Porträt des Künstlers Friedensreich Hundertwasser) zum Oscar nominiert.
1982 und 1986 entstanden in Zusammenarbeit mit dem DEFA-Studio in Potsdam-Babelsberg zwei Spielfilmproduktionen: „Frühlingssinfonie“, über die dramatische Liebesbeziehung zwischen Clara Wieck und Robert Schumann, besetzt mit Rolf Hoppe, Nastassja Kinski und Herbert Grönemeyer, sowie „Caspar David Friedrich - Grenzen der Zeit“.
1987 entstand bei der Bavaria „Die letzte Geschichte von Schloss Königswald“, eine Hommage an die alten deutschen Kinostars wie Camilla Horn, Carola Höhn, Marianne Hoppe und Marika Rökk.
In den letzten 20 Jahren seines Filmschaffens realisierte Peter Schamoni mehrere abendfüllende Kinodokumentationen. Ein wichtiger Wegbegleiter war bei diesen Produktionen der Dresdner Kameramann Ernst Hirsch. 1991 entstand „Max Ernst - Mein Vagabundieren, meine Unruhe“ anlässlich des 100. Geburtstages des Malers. 1995 realisierte Peter Schamoni das Künstlerporträt „Niki de Saint Phalle - Wer ist das Monster, Du oder ich?“.
1999 kam „Majestät brauchen Sonne“ in die Kinos, eine aufregend authentische und unterhaltsame Dokumentation über Deutschlands letzten Kaiser Wilhelm II. und gleichzeitig eine Hommage an die Anfänge der Kinematografie. Sein filmisches Künstlerporträt „Botero - Geboren in Medellín“ ist eine faszinierende Reise in die Welt des kolumbianischen Malers und Bildhauers Fernando Botero.
Seine letzten, unrealisierten Projekte galten der eigenen Familiengeschichte und dem Maler Max Beckmann. Nach kurzer, schwerer Krankheit verstarb Peter Schamoni an 14. Juni 2011 in München. Sein Grab befindet sich auf dem Friedhof der Gemeinde Seeshaupt am Starnberger See. Sein Grundstück in Seeshaupt war viele Jahrzehnte sein liebster Ort.